Oddělení se zabývá výzkumem molekulárních charakteristik nádorových onemocnění, především tlustého střeva a konečníku. Pracujeme na molekulárně-epidemiologické úrovni s cílem identifikovat biologické ukazatele zvýšené predispozice vůči nádorovému onemocnění, včasné diagnostiky, individuální odpovědi na protinádorovou léčbu a dlouhodobé prognózy. V rámci oddělení pracujeme s různými typy biologického materiálu od pacientů s nádorovým onemocněním, jako jsou solidní tkáň, krevní buňky, plazma nebo stolice.
Délka telomer jako ukazatel terapeutické odpovědi a přežití u pacientek diagnostikovaným s karcinomy vaječníků
Ve spolupráci se Státním zdravotním ústavem jsme zkoumali regulaci telomerové délky u 209 pacientek s karcinomy vaječníků. Telomery v leukocytech a nádorech byly měřeny multiplexovou qPCR. Metylační profily a genová exprese shelterinu a telomerázy byly analyzovány pomocí čipů Illumina a RNA-Seq. Pacientky citlivé na léčbu na bázi platiny měly kratší telomery v leukocytech. Analýza transkriptomu prokázala změny v signální dráze receptorů aktivovaných peroxizómovými proliferátory (PPAR) u pacientek s odlišnými odpověďmi na terapii. Telomery v tumoru kratší než medián predikovaly lepší celkové přežití.
Kratší délka telomer v leukocytech periferní krve může být spojena se zvýšenou citlivostí na léčbu na bázi platiny. Pacientky s karcinomy vaječníků dobře odpovídajícími na léčbu na bázi platiny (doba od poslední léčby platinou do recidivy > 12 měsíců, n = 93) měly kratší telomery v leukocytech ve srovnání s pacientkami jejichž nádory byly na léčbu rezistentní (doba od poslední léčby platinou do recidivy ≤ 6 měsíců, n = 46, P = 0,037).
Mutační analýza genů definujících adenomy tlustého střeva a konečníku a jejich přechod v adenokarcinom
S cílem objasnit genetiku vývoje kolorektálních adenomů v kolorektální karcinom (CRC) jsme stanovovali mutační spektrum v genech CRC (APC, BRAF, EGFR, NRAS, KRAS, PIK3CA, POLE, POLD1, SMAD4, PTEN, TP53) u 96 adenomů a in situ karcinomů pomocí technikou high-throughput genotyping. Nalezli jsme vyšší frekvenci patogenních variant v těchto genech. APC, KRAS a TP53 mutační frekvence byly nižší u adenomů než u karcinomu. Distribuce mutačních frekvencí byla následující: adenomy s nízkým stupněm dysplázie-adenomy s vysokým stupněm dysplázie-karcinom in situ: APC gen 42,9-56,0-54,5 %; KRAS gen 32,7-32,0-45,5 %; TP53 gen 8,2-20,0-18,2 %. KRAS mutace se vyskytovaly hlavně s vilózní histologií, APC promotorová metylace byla spjata s variantami v POLE genu. Potvrdili jsme mnohastupňový postupný model akumulace mutací v uvedených genech.
Distribuce genetických změn detekovaných u adenomů nízkého, vysokého stupně a in situ karcinomů. Každý řádek představuje jednoho pacienta a každý sloupec představuje jeden gen. Různé typy mutací jsou značeny různými barvami. Sloupcový graf nahoře vykazuje celkový počet mutací v daném genu.
Publikace:
Jungwirth, J., Urbanová, M., Boot, A., Hošek, P., Bendová, P., Šišková, A., Švec, J., Kment, M., Tůmová, D., Summerová, S., Beneš, Z., Buchler, T., Kohout, P., Hucl, T., Matěj, R., Vodičková, L., van Wezel, T., Vodička, P., Vymetálková, V.: (2022) Mutational analysis of driver genes defines the colorectal adenoma: in situ carcinoma transition. Scientific Reports. 12(1): 2570. doi: 10.1038/s41598-022-06498-9.
Stanovení změn expresí microRNA v průběhu léčby pacientů s nádory konečníku
MicroRNA (miR) regulují genovou expresi v závislosti na příslušné tkáni. Jen málo je známo o změnách jejích expresí v průběhu terapie pacientů s nádory konečníku (RC). Nalezli jsme, že hladiny exprese miR-122-5p a miR-142-5p byly významně odlišné u pacientů s RC a u kontrol (p < 0,001). Po roce sledování tyto hladiny expresí nebyly odlišné u RC pacientů, kteří dobře odpovídali na léčbu, a referenční skupinou. Na druhou stranu u pacientů, kteří na léčbu neodpovídali, nadále nalézáme nízké expresní hladiny. Zcela logicky pak zvýšené exprese miR-122-5p a miR-142-5p v nádorových buněčných liniích inhibovaly buněčný růst a přežívání. Tato studie prokazuje užitečnost sledování cirkulujících miR-122-5p a miR-142-5p pro hodnocení stavu pacientů a efektivity jejich léčebného režimu.
Expresní analýza miR-122-5p a miR-142-5p v plazmě. Pacienti s rektálním karcinomem měli signifikantně snížené hladiny miR-122-5p a miR-142-5p v plazmě v porovnání s kontrolními jedinci. Rok od stanovení diagnózy (2. odběr, T1) byl pozorován významný rozdíl u sledované skupiny pacientů, kteří rok po stanovení diagnózy nereagovali na léčbu, a kontrolní skupinou jedinců bez nádorového onemocnění.
Publikace:
Červená, K., Novosadová, V., Pardini, B., Naccarati, A., Opattová, A., Horák, J., Vodenková, S., Buchler, T., Skrobanek, P., Levy, M., Vodička, P., Vymetálková, V.: (2021) Analysis of MicroRNA Expression Changes During the Course of Therapy In Rectal Cancer Patients. Frontiers in Oncology. 11: 702258. doi: 10.3389/fonc.2021.702258. eCollection 2021
Projekty
1. 5. 2021 – 31. 12. 2024
Homeostáza telomér jako potencialni biomarker rizika, prognózy a progrese u gynekologických nádorů.
Využití konceptu tekuté biopsie pro charakterizaci mikroRNA a onkogenní KRAS mutace pro stanovení včasné diagnózy a zhodnocení rizika vzniku karcinomu pankreatu.
Oddělení molekulární biologie nádorůSchormair B.Zhao Ch.Bell S.Didriksen M.Nawaz M. S.Schandra N.Stefani A.Högl B.Dauvilliers Y.Bachmann C. G.Kemlink D.Sonka K.Paulus W.Trenkwalder C.Oertel W. H.Hornyak M.Teder-Laving M.Metspalu A.Hadjigeorgiou G. M.Polo O.Fietze I.Ross O. A.Wszolek Z. K.Ibrahim A.Bergmann M.Kittke V.Harrer P.Dowsett J.Chenini S.Ostrowski S. R.Sørensen E.Erikstrup C.Pedersen O. B.Bruun M. T.Nielsen K. R.Butterworth A. S.Soranzo N.Ouwehand W. H.Roberts D. J.Danesh J.Burchell B.Furlotte N. A.Nandakumar P.Earley C. J.Ondo W. G.Xiong L.Desautels A.Perola M.Vodička P.Dina C.Stoll M.Franke A.Lieb W.Stewart A. F. R.Shah S. H.Gieger C.Peters A.Rye D. B.Rouleau G. A.Berger K.Stefansson H.Ullum H.Stefansson K.Hinds D. A.Di Angelantonio E.Oexle K.Winkelmann J.
2024
Nat Genet . 2024 Jun;56(6):1090-1099. doi: 10.1038/s41588-024-01763-1. Epub 2024 Jun 5.
Oddělení molekulární biologie nádorůGiaccherini M.Rende M.Gentiluomo M.Corradi C.Archibugi L.Ermini S.Maiello E.Morelli L.van Eijck C. H. J.Cavestro G. M.Schneider M.Mickevicius A.Adamonis K.Basso D.Hlavac V....Vodička P....Stocker S.Neoptolemos J. P.Bambi F.Jamroziak K.Testoni S. G. G.Aoki M. N.Mohelnikova-Duchonova B.Izbicki J. R.Pezzilli R.Lawlor R. T.Kauffmann E. F.de Maturana E. L.Malats N.Canzian F.Campa D.
2024
Mutagenesis. 2024 Apr 12:geae012. doi: 10.1093/mutage/geae012. Online ahead of print.
Oddělení molekulární biologie nádorůHemminki K.Niazi Y.Vodičková L.Vodička P.Försti A.
2024
Mutagenesis. 2024 Feb 29:geae006. doi: 10.1093/mutage/geae006. Online ahead of print.
Oddělení molekulární biologie nádorůThomas M.Qu C.Wang X.Huyghe J. R.Joo J. E.Georgeson P.Arndt V.Berndt S. I.Bézieau S.Bien S. A.Bishop D. T.Brenner H.Brezina S.Burnett-Hartman A.Campbell P. T.Casey G.Castellví-Bel S.Chan A. T.Chang-Claude J.Chen X.Conti D. V.Cremolini C.Diergaarde B.Figueiredo J. C.FitzGerald L. M.Gago-Dominguez M.Gallinger S.Giles G. G.Gsu A.Gunter M. J.Hampe J.Hampel H.Harrison T. A.Hoffmeister M.Keku T. O.Kundaje A.Le Marchand L.Lenz H.-J.Li C. I.Li L.Lin Y.Lindblom A.Moreno V.Murphy N.Newcomb P. A.Newton C. C.Obón-Santacana M.Ogino S.Pai R. K.Palmer J. R.Pearlman R.Pharoah P. D. P.Phipps A. I.Platz E. A.Potter J. D.Rennert G.Sakoda L. C.Schafmayer C.Schmit S. L.Schoen R. E.Slattery M. L.Stadler Z. K.Steinfelder R. S.Thibodeau S. N.Ulrich C. M.Um C. Y.van Duijnhoven F. J. B.Van Guelpen B.Visvanathan K.Vodička P.Vodičková L.Vymetálková V.Weinstein S. J.White E.Winship I. M.Wolk A.Gruber S. B.Jenkins M. A.Hsu L.Buchanan D. D.Peters U.
2023
Gastroenterology. 2023 Oct;165(4):1070-1076.e3. doi: 10.1053/j.gastro.2023.06.032. Epub 2023 Jul 14.
Oddělení molekulární biologie nádorůThomas M.Su Y-R.Rosenthal E. A.Sakoda L. C.Schmit S. L.Timofeeva M. N.Chen Z.Fernandez-Rozadilla C.Law P. J.Murphy N.Carreras-Torres R.Diez-Obrero V.van Duijnhoven F. J. B.Jiang S.Shin A.Wolk A.Phipps A. I.Burnett-Hartman A.Gsur A.Chan A. T.Zauber A. G.Wu A. H.Lindblom A.Um C. Y.Tangen C. M.Gignoux C.Newton C.Haiman C. A.Qu C.Bishop D. T.Buchanan D. D.Crosslin D. R.Conti D. V.Kim D-H.Hauser E.White E.Siegel E.Schumacher F. R.Rennert G.Giles G. G.Hampel H.Brenner H.Oze I.Oh J. H.Lee J. K.Schneider J. L.Chang-Claude J.Kim J.Huyghe J. R.Zheng J.Hampe J.Greenson J.Hopper J. L.Palmer J. R.Visvanathan K.Matsuo K.Matsuda K.Jung K. J.Li L.Le Marchand L.Vodičková L.Bujanda L.Gunter M. J.Matejcic M.Jenkins M. A.Slattery M. L.D'Amato M.Wang M.Hoffmeister M.Woods M. O.Kim M.Song M.Iwasaki M.Du M.Udaltsova N.Sawada N.Vodička P.Campbell P. T.Newcomb P. A.Cai Q.Pearlman R.Pai R. K.Schoen R. E.Steinfelder R. S.Haile R. W.Vandenputtelaar R.Prentice R. L.Küry S.Castellví-Bel S.Tsugane S.Berndt S. I.Lee S. C.Brezina S.Weinstein S. J.Chanock S. J.Jee S. H.Kweon S-S.Vadaparampil S.Harrison T. A.Yamaji T.Keku T. O.Vymetálková V.Arndt V.Jia W-H.Shu X-O.Lin Y.Ahn Y-O.Stadler Z. K.Van Guelpen B.Ulrich C. M.Platz E. A.Potter J. D.Li C. I.Meester R.Moreno V.Figueiredo J. C.Casey G.Lansdorp Vogelaar I.Dunlop M. G.Gruber S. B.Hayes R. B.Pharoah P. D.Houlston R. S.Jarvik G. P.Tomlinson I. P.Zheng W.Corley D. A.Peters U.Hsu L.
2023
Nat Commun. 2023 Oct 2;14(1):6147. doi: 10.1038/s41467-023-41819-0.
Oddělení molekulární biologie nádorůDimou N.Kim A. E.Flanagan O.Murphy N.Diez-Obrero V.Shcherbina A.Aglago E. K.Bouras E.Campbell P. T.Casey G....Vodička P.Vodičková L.White E.Wolk A.Woods M. O.Qu C.Kundaje A.Hsu L.Gauderman W. J.Gunter M. J.Peters U.
2023
Br J Cancer . 2023 Aug;129(3):511-520. doi: 10.1038/s41416-023-02312-z. Epub 2023 Jun 26.
Oddělení molekulární biologie nádorůAglago E. K.Kim A. E.Lin Y.Qu C.Evangelou M.Ren Y.Morrison J.Albanes D.Arndt V.Barry E. L.Baurley J. W.Berndt S. I.Bien S. A.Bishop D. T.Bouras E.Brenner H.Buchanan D. D.Budiarto A.Carreras-Torres R.Casey G.Cenggoro T. W.Chan A. T.Chang-Claude J.Chen X.Conti D. V.Devall M.Díez-Obrero V.Dimou N.Drew D.Figueiredo J. C.Gallinger S.Giles G. G.Gruber S. B.Gsur A.Gunter M. J.Hampel H.Harlid S.Hidaka A.Harrison T. A.Hoffmeister M.Huyghe J. R.Jenkins M. A.Jordahl K.Joshi A. D.Kawaguchi E. S.Keku T. O.Kundaje A.Larsson S. C.Le Marchand L.Lewinger J. P.Li L.Lynch B. M.Mahesworo B.Mandic M.Obón-Santacana M.Moreno V.Murphy N.Nan H.Nassir R.Newcomb P. A.Ogino S.Ose J.Pai R. K.Palmer J. R.Papadimitriou N.Pardamean B.Peoples A. R.Platz E. A.Potter J. D.Prentice R. L.Rennert G.Ruiz-Narvaez E.Sakoda L. C.Scacheri P. C.Schmit S. L.Schoen R. E.Shcherbina A.Slattery M. L.Stern M. C.Su Y. R.Tangen C. M.Thibodeau S. N.Thomas D. C.Tian Y.Ulrich C. M.van Duijnhoven F. J. B.Van Guelpen B.Visvanathan K.Vodička P.Wang J.White E.Wolk A.Woods M. O.Wu A. H.Zemlianskaia N.Hsu L.Gauderman W. J.Peters U.Tsilidis K. K.Campbell P. T.
2023
Cancer Res . 2023 May 30;CAN-22-3713. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-22-3713. Online ahead of print.
Oddělení molekulární biologie nádorůTsilidis K. K.Papadimitriou N.Dimou N.Gill D.Lewis S. J.Martin R. M.Murphy N.Markozannes G.Zuber V.Cross A. J.Burrows K.Lopez D. S.Key T. J.Travis R. C.Perez-Cornago A.Hunter D. J.van Duijnhoven F. J. B.Albanes D.Arndt V.Berndt S. I.Bézieau S.Bishop D. T.Boehm J.Brenner H.Burnett-Hartman A.Campbell P. T.Casey G.Castellví-Bel S.Chan A. T.Chang-Claude J.de la Chapelle A.Figueiredo J. C.Gallinger S. J.Giles G. G.Goodman P. J.Gsur A.Hampe J.Hampel H.Hoffmeister M.Jenkins M. A.Keku T. O.Kweon S.-S.Larsson S. C.Le Marchand L.Li C. I.Li L.Lindblom A.Martín V.Milne R. L.Moreno V.Nan H.Nassir R.Newcomb P. A.Offit K.Pharoah P. D. P.Platz E. A.Potter J. D.Qi L.Rennert G.Sakoda L. C.Schafmayer C.Slattery M. L.Snetselaar L.Schenk J.Thibodeau S. N.Ulrich C. M.Van Guelpen B.Harlid S.Visvanathan K.Vodičková L.Wang H.White E.Wolk A.Woods M. O.Wu A. H.Zheng W.Bueno-de-Mesquita B.Boutron-Ruault M.-C.Hughes D. J.Jakszyn P.Kühn T.Palli D.Riboli E.Giovannucci E. L.Banbury B. L.Gruber S. B.Peters U.Gunter M. J.
2021
Journal of Clinical Nutrition. 113(6): 1490-1502.
Oddělení molekulární biologie nádorůLu Y.Gentiluomo M.Gioffreda D.Gazouli M.Petrone M. C.Kelemen D.Ginocchi L.Morelli L.Papiris K.Greenhalf W.Izbicki J. R.Kiudelis V.Mohelníková-Duchoňová B.Bueno-de-Mesquita B.Vodička P.Brenner H.Diener M. K.Pezzilli R.Ivanauskas A.Salvia R.Szentesi A.Aoki M. N.Németh B. C.Sperti C.Jamroziak K.Chammas R.Oliverius M.Archibugi L.Ermini S.Novák J.Kupcinskas J.Strouhal O.Souček P.Cavestro G. M.Milanetto A. C.Vanella G.Neoptolemos J. P.Theodoropoulos G. E.van Laarhoven H. W. M.Mambrini A.Moz S.Kala Z.Loveček M.Basso D.Uzunoglu F. G.Hackert T.Testoni S. G. G.Hlaváč V.Andriulli A.Lucchesi M.Tavano F.Carrara S.Hegyi P.Arcidiacono P. G.Busch O. R.Lawlor R. T.Puzzono M.Boggi U.Guo F.Małecka-Panas E.Capurso G.Landi S.Talar-Wojnarowska R.Strobel O.Gao X.Vashist Y.Campa D.Canzian F.
2021
Frontiers in Oncology. 11: 771312.
Oddělení molekulární biologie nádorůThomas M.Sakoda L. C.Hoffmeister M.Rosenthal E. A.Lee J. K.van Duijnhoven F. J. B.Platz E. A.Wu A. H.Dampier C. H.de la Chapelle A.Wolk A.Joshi A. D.Burnett-Hartman A.Gsur A.Lindblom A.Castells A.Win A. K.Namjou B.Van Guelpen B.Tangen C. M.He Q.Li C. I.Schafmayer C.Joshu C. E.Ulrich C. M.Bishop D. T.Buchanan D. D.Schaid D.Drew D. A.Muller D. C.Duggan D.Crosslin D. R.Albanes D.Giovannucci E. L.Larson E.Qu F.Mentch F.Giles G. G.Hakonarson H.Hampel H.Stanaway I. B.Figueiredo J. C.Huyghe J. R.Minnier J.Chang-Claude J.Hampe J.Harley J. B.Visvanathan K.Curtis K. R.Offit K.Li L.Le Marchand L.Vodickova L.Gunter M. J.Jenkins M. A.Slattery M. L.Lemire M.Woods M. O.Song M.Murphy N.Lindor N. M.Dikilitas O.Pharoah P. D. P.Campbell P. T.Newcomb P. A.Milne R. L.MacInnis R. J.Castellví-Bel S.Ogino S.Berndt S. I.Bézieau S.Thibodeau S. N.Gallinger S. J.Zaidi S. H.Harrison T. A.Keku T. O.Hudson T. J.Vymetálková V.Moreno V.Martín V.Arndt V.Wei W.-Q.Chung W.Su Y.-R.Hayes R. B.White E.Vodička P.Casey G.Gruber S. B.Schoen R. E.Chan A. T.Potter J. D.Brenner H.Jarvik G. P.Corley D. A.Peters U.Hsu L.
2020
American Journal of Human Genetics. 107(3): 432-444.
Oddělení molekulární biologie nádorůLu Y.Corradi C.Gentiluomo M.López de Maturana E.Theodoropoulos G. E.Roth S.Maiello E.Morelli L.Archibugi L.Izbicki J. R.Sarlós P.Kiudelis V.Oliverius M.Nóbrega Aoki M.Vashist Y.van Eijck C. H. J.Gazouli M.Talar-Wojnarowska R.Mambrini A.Pezzilli R.Bueno-de-Mesquita B.Hegyi P.Souček P.Neoptolemos J. P.Di Franco G.Sperti C.Kauffmann E. F.Hlaváč V.Uzunoğlu F. G.Ermini S.Małecka-Panas E.Lucchesi M.Vanella G.Dijk F.Mohelníková-Duchoňová B.Bambi F.Petrone M. C.Jamroziak K.Guo F.Kolarova K.Capretti G.Milanetto A. C.Ginocchi L.Loveček M.Puzzono M.van Laarhoven H. W. M.Carrara S.Ivanauskas A.Papiris K.Basso D.Arcidiacono P. G.Izbéki F.Chammas R.Vodička P.Hackert T.Pasquali C.Piredda M. L.Costello-Goldring E.Cavestro G. M.Szentesi A.Tavano F.Włodarczyk B.Brenner H.Kreivenaite E.Gao X.Bunduc S.Vermeulen R. C. H.Schneider M. A.Latiano A.Gioffreda D.Testoni S. G. G.Kupcinskas J.Lawlor R. T.Capurso G.Malats N.Campa D.Canzian F.
2021
Frontiers in Genetics. 12: 693933.
2024
Trends Cancer. 2024 Oct 21:S2405-8033(24)00212-7. doi: 10.1016/j.trecan.2024.09.010. Online ahead of print.
