09. 10. 2023
Základní informace
Kurz je určen pro účastníky se základními znalostmi zpracování obrazu. V rámci kurzu se zaměříme na automatizaci analýz, zpracování velkého množství dat a základy skriptování. Účastníci kurzu se naučí, jak vytvářet a upravovat makra v programu ImageJ a jak psát sofistikovanější skripty pro zpracování více mikroskopických snímků najednou. Dále se seznámí se základy zpracování obrazu v programu Matlab a CellPose.
Délka kurzu: 2 dny + 1 den pro dobrovolné konzultace individuálních projektů
Registrační poplatek: zdarma
Jazyk kurzu: angličtina
Program
Místo: Tyrkysová posluchárna
Přednášející: Barbora Hyklová, Štěpán Kortus, Iva Švecová, Jakub Zahumenský
Den 1 / středa / 29. 11. 2023
Ranní část: 8:30-11:30 – ImageJ
8:30-9:00 Registrace
9:00-9:30 Představení ÚEM servisní skupiny mikroskopie (Barbora Hyklová)
9:30-10:15 Úvod do vytváření maker a batch processingu v programu ImageJ (Štěpán Kortus)
10:15-10:30 Přestávka
10:30-11:30 Makra a batch processing v programu ImageJ – praktické cvičení (Štěpán Kortus)
Přestávka na oběd: 11:30-12:30
Odpolední část: 12:30-16:00 – CellPose
12:30-14:00 Úvod do programu CellPose (Iva Švecová)
14:00-14:15 Přestávka
14:15-15:30 CellPose – praktické cvičení (Iva Švecová)
15:30-16:00 Závěrečné shrnutí
Den 2 / čtvrtek / 30. 11. 2023
Ranní část: 8:30-11:30 – automatizace zpracování dat (ImageJ + CellPose)
9:00-10:15 Automatizace zpracování dat za pomocí programů ImageJ a CellPose (Jakub Zahumenský)
10:15-10:30 Přestávka
10:30-11:30 Automatizace zpracování dat – praktické cvičení (Jakub Zahumenský)
Přestávka na oběd: 11:30-12:30
Odpolední část: 12:30-16:00 – Matlab
12:30-14:00 Úvod do zpracování obrazu v programu Matlab (Štěpán Kortus)
14:00-14:15 Přestávka
14:15-15:30 Zpracování obrazu v programu Matlab – praktické cvičení (Štěpán Kortus)
15:30-16:00 Závěrečné shrnutí
Den 3 / pátek / 1. 12. 2023
Volitelně: Konzultace individuálních projektů a diskuze o doplňujících otázkách.
Požadavky
Základní znalost práce s ImageJ: Účastníci by měli mít základní znalost programu ImageJ a jeho základních funkcí. Měli by být seznámeni s úkony, jako je např. import snímků, základní úpravy snímku (úprava jasu/kontrastu aj.) a měření vybraných veličin.
Vlastní notebook: Účastníci jsou povinni si přinést vlastní notebook. Pokud to není možné, kontaktujte nás prosím. Před akcí obdržíte seznam programů potřebných pro použití během kurzu, včetně příslušných návodů k instalaci.