Unikátní studie vědců z ÚEM AV ČR a centra BIOCEV odhaluje nové vlastnosti proteinu SMARCA5

V odborném časopise PLOS ONE (otevře se v novém okně)(IF 2,9) vyšla nová spoluautorská publikace zabývající se identifikací a charakterizací nových vlastností chromatinového remodelačního proteinu SMARCA5. Autory studie jsou Pavel Čabart z Oddělení plasticity buněčného jádra ÚEM AV ČR a Prokopis C. Andrikopoulos z výzkumného centra BIOCEV.

Obrovský rozvoj na poli proteinové chemie v posledních padesáti letech byl podmíněn vývojem velmi efektivních technik proteinové separace a analýzy. Většina z těchto technik využívá rozdílné vlastnosti molekul, jako je jejich hmotnost nebo náboj. V posledních dvaceti letech však nabývá na významu skupina experimentálních a výpočetních metod založených na specifických interakcích mezi biomolekulou a ligandem. Mezi teoretickými, výpočetními přístupy má pak významné postavení kvantová mechanika.

Autoři studie poskytli důkaz, že protein SMARCA5 vytváří chelátové vazby s dvojmocnými kationty přechodných kovů (kobaltem, mědí, zinkem a niklem) na pevném nosiči. Tuto vlastnost využili pro izolaci proteinu pomocí afinitní chromatorafie na vázaných kovových iontech (IMAC). Typy vazeb zkoumali pomocí IMAC a kvantovĕ mechanických výpočtů. Výsledky studie mohou být inspirativní pro zkoumání možných funkčních interakcí mezi přechodnými kovy a proteinem SMARCA5 v buňce. Konkrétně jde o modulaci jeho nukleozom-translokační aktivity a konformační změny, které mohou stabilizovat jeho interakci s akcesorními podjednotkami v rámci chromatinových remodelačních komplexů nebo s proteiny posilujícími protivirovou imunitu.