Oddělení molekulární biologie nádorů

Oddělení molekulární biologie nádorů

Oddělení molekulární biologie nádorů

 

 
 

Vedoucí: MUDr. Pavel Vodička, CSc.

Tel.: +420 241 062 694

 

V oddělení jsou zkoumány molekulární charakteristiky nádorových onemocnění, především tlustého střeva a konečníku. V rámci těchto studií pracujeme na molekulárně-epidemiologické úrovni s cílem identifikovat biologické ukazatele (I.) zvýšené predispozice vůči nádorovému onemocnění, (II.) včasné diagnostiky, (III.) individuální odpovědi na protinádorovou léčbu (IV.) a nebo dlouhodobé prognózy. Zaměřujeme se především na systém opravy DNA poškození. Tento rozsáhlý biologický proces je zajištěn minimálně šesti víceméně samostatnými dráhami a má nezastupitelný význam pro udržení strukturální a funkční stability DNA a tím zajišťuje prevenci nádorové transformace zdravé buňky. Na druhé straně, aktivita opravy DNA poškození, se významně uplatňuje rovněž při odpovědi nádorových buněk na působení chemoterapeutik. Léčba některými nejčastěji používanými látkami je založena na masivním poškození DNA s následnou buněčnou smrtí. Vysoká aktivita opravných DNA mechanismů může přispět k rezistenci nádorových buněk vůči takovým látkám. V oddělení pracujeme s různými typy biologického materiálu od pacientů s nádorovým onemocněním, jako jsou solidní tkáň, krevní buňky nebo plazma.

 

 

 

 
Vědečtí pracovníci:
MUDr. Pavel Vodička, CSc.
Ing. Alena Opattová, Ph.D.
Mgr. Jana Slyšková, Ph.D.
MUDr. Ludmila Vodičková, CSc.
Mgr. Markéta Urbanová, PhD.
Ing. Veronika Poláková-Vymetálková, Ph.D.
 
 
Postgraduální studenti:
Mgr. Linda Bártů
Mgr. Petra Bendová
Mgr. Andrea Čumová
Mgr. Kateřina Jirásková
MUDr. Jan Král
Mgr. Michal Kroupa
Mgr. Alexandra Rejhová
Mgr. Soňa Vodénková
 
Studenti:
Bc. Klára Červená | student
 
Spolupracovníci:
Pavel Kříž
Prof. RNDr. Rudolf Štětina, CSc.

 

Významné výsledky oddělení v roce 2014

 

1. Lokusy ovlivňující vnímavost vůči nádorům slinivky břišní

V naší multicentrické studii jsme poprvé stanovili 4 nové lokusy, související s vnímavostí vůči nádorům slinivky břišní. Zároveň se podařilo identifikovat souvislosti s variantami v exonu 2 TERT (telomeráza) a telomerickém PVT1. Popsané genové varianty a lokusy vnímavosti dokládají multifaktoriální patogenezu tumoru slinivky břišní, který je velmi zhoubný a obtížně léčitelný. Nově publikované objevy přispějí k porozumění příčin vzniku a rozvoje nádorů a stanovení účinné léčebné strategie onemocnění.

 


 

Publikace:

Wolpin BM, Rizzato C, Kraft P, Kooperberg C, Petersen GM, Wang Z, Arslan AA, Beane-Freeman L, Bracci PM, Buring J, Canzian F, Duell EJ, Gallinger S, Giles GG, Goodman GE, Goodman PJ, Jacobs EJ, Kamineni A, Klein AP, Kolonel LN, Kulke MH, Li D, Malats N, Olson SH, Risch HA, Sesso HD, Visvanathan K, White E, Zheng W, Abnet CC, Albanes D, Andriotti G, Austin MA, Barfi eld R, Basso D, Berndt SI, Boutron-Ruault MC, Brotzman M, Buchler MW, Bas Buenode-Mesquita H, Bugert P, Burdette L, Campa D, Caporaso NE, Capurso G, Chung C, Cotterchio M, Costello E, Elena J, Funel N, Gaziano M, Giese N, Giovannucci EL, Goggins M, Gorman MJ, Gross M, Haiman C, Hassan M, Helzlsouer K, Henderson BE, Holly EA, Hu N, Hunter DJ, Innocenti F, jenab M, Kaaks R, Key TJ, Khaw KT, Klein EA, Kogevinas M, Kupcinskas J, Kurtz RC, LaCroix A, Landi MT, Landi S, Le Marchand L, Mambrini A, Mannisto S, Milne RL, Nakamura Y, Oberg AL, Owzar K, Panico S, Patel AV, Peeters PH, Peters U, Piepoli A, Porta M, Real FX, Riboli E, Rothman N, Scarpa A, Shu X, Silverman DT, Soucek P, Sund M, Talar-Wojnarowska R, Taylor PR, Theodoropoulos GE, Thornquist M, Tjoenneland A, Tobias GS, Trichopoulos D, Vodička P, Wactawski-Wende J, Wentzensen N, Wu C, Yu H, Yu K, Zeleniuch-Jacquotte A, Hoover R, Hartge P, Fuchs C, Channock S, Stolzenberg-Solomon RS, Amundadottir L (2014): Genome-wide association study identifi es multiple susceptibility loci for pancreatic cancer. Nature Genet. 46(9):994-1000. IF: 29.648

 

 

2. Genetické a epigenetické faktory při vzniku a prognose nádorů tlustého střeva a konečníku

V několika našich dalších studiích dokládáme vliv genových variant, vazebných míst mRNA a epigenetických regulačních mechanizmů nejen na vznik, ale i na prognózu a možnosti terapie nádorů tlustého střeva a konečníku.

 

Analýza přežití pacientů s nízkými a vysokými úrovněmi dlouhé nekódující RNA.

 

Spolupráce: DKFZ Heidelberg, FRG, HUGE Turin, Italy, University in Umea, Sweden etc.

 

Publikace:

Lu S, Pardini B, Cheng B, Naccarati A, Huhn S, Vymetálková V, Vodičková L, Buchler T, Hemminki K, Vodicka P, Försti A. (2014) Single Nucleotide Polymorphisms within Interferon Signaling Pathway Genes Are Associated with Colorectal Cancer Susceptibility and Survival. PLoS One 9(10): e111061. IF 3.534

Huhn S, Bevier M, Pardini B, Naccarati A, Vodickova L, Novotny J, Vodicka P, Hemminki K, Försti A. Colorectal cancer risk and patients' survival: influence of polymorphisms in genes somatically mutated in colorectal tumors. Cancer Causes Control. 2014 Jun;25(6):759-69. IF: 2.961

Vymetalkova V, Pardini B, Rosa F, Di Gaetano C, Novotny J, Levy M, Buchler T, Slyskova J, Vodickova L, Naccarati A, Vodicka P. Variations in mismatch repair genes and colorectal cancer risk and clinical outcome. Mutagenesis 2014 Jul;29(4):259-65. IF: 3.495

Vymetalkova Polakova V, Slyskova J, Korenkova V, Bielik L, Langerova L, Prochazka P, Rejhova A, Schwarzova L, Pardini B, Naccarati A, Vodicka P. Molecular characteristics of mismatch repair genes in sporadic colorectal tumors in Czech patients. BMC Medical Genetics 2014. IF: 2.450

Farkas S, Vymetalkova V, Vodickova L, Vodicka P, Nilsson TK. DNA methylation changes in genes frequently mutated in colorectal cancer and in the DNA repair and Wnt/β-catenin signaling pathway genes. Epigenomics 2014 Apr;6(2):179-91. IF: 5.215

Svoboda M, Slyskova J, Schneiderova M, Makovicky P, Bielik L, Levy M, Lipska L, Hemmelova B, Kala Z, Protivankova M, Vycital O, Liska V, Schwarzova L, Vodickova L, Vodicka P. HOTAIR long non-coding RNA is a negative prognostic factor not only in primary tumors, but also in the blood of colorectal cancer patients. Carcinogenesis. 2014 Jul;35(7):1510-5. IF: 5.266
 

 

3. Mapování kapacity oprav DNA poškození

Velmi zajímavé výsledky jsme rovněž obdrželi v oblasti studií mechanizmů oprav DNA a udržení integrity genomu. Pokračovali jsme v mapování DNA reparačních kapacit u zdravých jedinců a vlivu oprav DNA na prognózu a léčbu nádorů tlustého střeva a konečníku. Poprvé jsme rovněž prokázali vztah variant v genu cyklinu D1 k odpovědím na poškození DNA, homolognímu rekombinačnímu opravnému procesu a chromozomálním poškozením.

 

Schématický přehled faktorů ovlivňujících nucleotide excision repair (NER) – DNA repair capacity (DRC) fenotyp.

 

Spolupráce: University of Oslo, Norway, DKFZ heidelberg, FRG, HUGE Turin, Italy etc.

 

Publikace:

Slyskova J, Langie SA, Collins AR, Vodicka P. Functional evaluation of DNA repair in human biopsies and their relation to other cellular biomarkers. Front Genet. 2014 May 23;5:116. doi: 10.3389/fgene.2014.00116. eCollection 2014.

Slyskova J, Lorenzo Y, Karlsen A, Carlsen M, Novosadova V, Blomhoff R, Vodicka P, Collins AR. Both genetic and dietary factors underlie differences in DNA damage levels and DNA repair capacity. DNA Repair 16 (2014) 66–73. IF: 3.362

Slyskova J, Cordero F, Pardini B, Korenkova V, Vymetalkova V, Bielik L, Vodickova L, Pitule P, Liska V, Matejka VM, Levy M, Buchler T, Kubista M, Naccarati A, Vodicka P. Post-treatment recovery of suboptimal DNA repair capacity and gene expression levels in colorectal cancer patients. Mol Carcinog. 2014 Mar 3. doi: 10.1002/mc.22141. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 24585457. IF: 4.770

Hemminki K, Musak L, Vymetalkova V, Smerhovsky Z, Halasova E, Osina O, Letkova L, Försti A, Vodickova L, Buchancova J, Vodicka P. Cyclin D1 splice site variant triggers chromosomal aberrations in healthy humans. Leukemia. 2014 Mar;28(3):721-2. IF: 9.379

 

 

Významné výsledky oddělení v roce 2013

 

1. Publikovali jsme souborný protokol technik pro stanovení funkční aktivity dvou opravných drah – bázové a nukleotidové excizní dráhy – s aplikací na různé typy výchozího biologického materiálu

 


Schématické znázornění principu metody na měření aktivity DNA opravy.

 

Publikace: 
Azqueta, A., Langie, S. A., Slyskova, J., Collins, A. R.: (2013) Measurement of DNA base and nucleotide excision repair activities in mammalian cells and tissues using the comet assay - A methodological overview. DNA Repair (Amst). 12:1007-1010. IF 4,274
 

 

2. Vztah mezi vnímavostí pacientů se sporadickým karcinomem tlustého střeva a konečníku na léčbu 5-fluorouracilem
Objevili jsme vztah mezi vnímavostí pacientů se sporadickým karcinomem tlustého střeva a konečníku na léčbu 5-fluorouracilem a jejich dlouhodobým přežíváním a genetickou variantou v genu DNA opravy, ležící v oblasti vazby s regulační nekódující krátkou RNA. Tato genetická varianta může, po ověření nezávislou studií, představovat prediktivní a prognostický marker pro sporadický karcinom tlustého střeva a konečníku.

 

Kaplan-Meirova závislost celkového přežívání a variant v genu SMUG1 polymorfního místa rs2233921 v souvislosti s chemo- terapií 5-fluorouracilem u pacientů s nádory tlustého střeva a konečníku.

 

Publikace: 
Pardini B., Rosa F., Barone E., Di Gaetano C., Slyskova J., Novotny J., Levy M., Garritano S., Vodickova L., Buchler T., Gemignani F., Landi S., Vodicka P., Naccarati A.: (2013) Variation within 3‘ UTRs of base excision repair genes and response to therapy in colorectal cancer patients: a potential modulation of microRNAs binding. Clin Cancer Res. 12(21): 6044-56. IF 7,837

GACR, P301/12/1734, Analysis of role of genetic factors in pancreatic cancer risk and prognosis. (2012-2016), EB, PI Dr. Souček, SZU

GACR, P304/12/1585, Molecular characteristics of DNA repair in colorectal tumor tissue. (2012 – 2015) EB, PI: Dr. Vodička, 1.LF UK

GACR, P304/15/08239S The diagnostic, predictive and prognostic role of microRNA signature in rectal cancer (2015-2017), EB. PI: Slyšková, ÚEM

GACR, P303/15/14789S Stress response to DNA damage in colorectal carcinogenesis. (2015-2017) EB, PI: Dr. Vodička, ÚEM

IGA MZCR NT-13424, MiR137 and its influence on the production of mucin as a potential tool in early diagnosis of colorectal cancer or colorectal cancer relapse. (1.4.2012-2015)FJ, PI: Dr. Levý, Thomayerova nemocnice.

IGA MZCR NT 14329-3/2013, Evaluation of molecular and biological factors for prognosis of generalisation of surgicaly treated colorectalcancer. (1.5.2013-2015), PI: Dr. Liška, LF Plzeň

IGA MZCR NT 14056-3/2013, Molecular and genetic biomarkers in pathogenesis and resistency in ovarian carcinoma.(1.5.2013-2015), PI: Dr. Václavíková, SZÚ

Bilateral czech-american project MSMT, LH 13061: Role of Ganoderma Lucidum Extracts in the Regulation of NFkB- DNA Repair-Proteasome Interactions in colorectal carcinogenesis. (2013-2015), PI: Dr. Vodička, ÚEM

SUSCEPTCOST MSMT LD14050 Genetic and functional determinants of colorectal tumors; outcomes for individualized therapy (4/2014-4/2017).

AZV 15-27580A Taste perception, oxidative damage and colon microenvironment in colorectal carcinogenesis: impacts on the disease risk, prognosis and prevention (5/2015-2019); PI: Dr. Vodička, (1.5.2015-2019).

AZV 15-26535A (5/2015-2018) The role of genetic variations in microRNA genes and in microRNA binding sites in colorectal cancer in relation to personalized therapy. PI: Ing. Vymetálková, (1.5.2015-2019).

2016

Campa, D., Pastore, M., Gentiluomo, M., Talar-Wojnarowská, R., Kupcinskas, J., Malecka-Panas, E., Neoptolemos, J.P., Niesen, W., Vodička, P., Delle Fave, G., Bas Bueno-de-Mesquita, H., Gazouli M., Pacetti, P., Di Leo, M., Ito, H., Klüter, H., Souček, P., Corbo, V., Yamao, K., Hosono, S., Kaaks, R., Vashist, Y., Gioffreda, D., Strobel, O., Shimizu, Y., Dijk, F., Andriulli, A., Ivanauskas, A., Bugert, P., Tavano, F., Vodičková, L., Federico Zambon, C., Lovecek, M., Landi, S., Key, T.J., Boggi, U., Pezzilli, R., Jamroziak, K., Mohelnikova-Duchonová, B., Mambrini, A., Bambi, F., Busch, O., Pazienza, V., Valente, R., Theodoropoulos, G.E., Hackert, T., Capurso, G., Martina Cavestro, G., Pasquali, C., Basso, D., Sperti, C., Matsuo, K., Büchler, M., Khaw, K.T., Izbicki, J., Costello, E., Katzke, V., Michalski, C., Stepien, A., Rizzato, C., Canzian, F.: (2016) Functional single nucleotide polymorphisms within the cyclin-dependent kinase inhibitor 2A/2B region affect pancreatic cancer risk. Oncotarget, IN PRESS

Elsnerová, K., Mohelniková-Duchonová, B., Čeřovská, E., Ehrlichová, M., Gut, I., Rob, L., Skapa, P., Hruda, M., Bartaková, A., Bouda, J., Vodička, P., Souček, P., Václavíková, R.,: (2016) Gene expression of membrane transporters: Importance for prognosis and progression of ovarian carcinoma. Oncol. Rep., 35(4): 2159-2170.

Försti, A., Frank, C., Smolková, B., Kazimirová, A., Barancoková, M., Vymetálková, V., Kroupa, M., Naccarati, A., Vodičková, L., Buchancová, J., Dusinská, M., Musak, L., Vodička, P., Hemminki, K.: (2016) Genetic variation in the major mitotic checkpoint genes associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Cancer Lett., 380(2):442-446.

Kořenková, V., Slyšková, J., Novosadová, V., Pizzamiglio, S., Langerová, L., Bjorkman, J., Vyčítal, O., Liska, V., Levy, M., Veskrna, K., Vodička, P., Vodičková, L., Kubista, M., Verderio, P.: (2016)The focus on sample quality: Influence of colon tissue collection on reliability of qPCR data. Sci Rep, 6: 29023.

Kunická, T., Procházka, P., Krus, I., Bendová, P., Protivová, M., Susová, S., Hlaváč, V., Liska, V., Novák, P., Schneiderová, M., Pitule, P., Bruha, J., Vyčítal, O., Vodička, P., Souček, P.: (2016) Molecular profile of 5-fluorouracil pathway genes in colorectal carcinoma. BMC Cancer, 16(1):795.

Naccarati, A., Rosa, F., Vymetálková V., Barone, E., Jirásková, K., Di Gaetano, C., Novotný, J., Levy, M., Vodičková, L., Gemignani, F., Buchler, T., Landi, S., Vodička, P., Pardini, B.: (2016) Double-strand break repair and colorectal cancer: gene variants within 3' UTRs and microRNAs binding as modulators of cancer risk and clinical outcome. Oncotarget, 7(17): 23156-23169.

Vodička, P., Musak, L., Fiorito, G., Vymetálková, V., Vodičková, L., Naccarati, A.: (2016) DNA and chromosomal damage in medical workers exposed to anaesthetic gases assessed by the lymphocyte cytokinesis-block micronucleus (CBMN) assay. A critical review. Mutat. Res.-Rev. Mutat. Res., 770(Pt A): 26-34.

Vodička, P., Pardini, B., Vymetálková, V., Naccarati, A.: (2016) Polymorphisms in Non-coding RNA Genes and Their Targets Sites as Risk Factors of Sporadic Colorectal Cancer. Adv.Exp.Med.Biol., 937: 123-149.

Vymetálková, V., Pardini, B., Rosa, F., Jirásková, K., Di Gaetano, C., Bendová, P., Levy, M., Veskrnová, V., Buchler, T., Vodičková, L., Naccarati,A., Vodička, P.: (2016) Polymorphisms in microRNA binding sites of mucin genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer patients. Carcinogenesis, IN PRESS.

Vymetálková, V., Vodička, P., Pardini, B., Rosa, F., Levy, M., Schneiderová, M., Liska, V., Vodičková, L., Nilsson, T.K., Farkas, S.A.: (2016) Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature. Epigenomics, 8(9): 1193-1207.

Zhang, M., Wang, Z., Obazee, O., Jia, J., Childs, E.J., Hoskins, J., Figlioli, G., Mocci, E., Collins, I., Chung, C.C., Hautman, C., Arslan, A.A., Beane-Freeman, L., Bracci, P.M., Buring, J., Duell, E.J., Gallinger, S., Giles, G.G., Goodman, G.E., Goodman, P.J., Kamineni, A., Kolonel, L.N., Kulke, M.H., Malats, N., Olson SH, Sesso HD, Visvanathan K, White E, Zheng W, Abnet CC, Albanes D, Andreotti, G., Brais, L., Bueno-de-Mesquita, H.B., Basso, D., Berndt, S.I., Boutron-Ruault, M.C., Bijlsma, M.F., Brenner, H., Burdette, L., Campa, D., Caporaso, N.E., Capurso, G., Cavestro, G.M., Cotterchio, M., Costello, E., Elena, J., Boggi, U., Gaziano, J.M., Gazouli, M., Giovannucci, E.L., Goggins, M., Gross, M., Haiman, C.A., Hassan, M., Helzlsouer, K.J., Hu, N., Hunter, D.J., Iskierka-Jazdzewska, E., Jenab, M., Kaaks, R., Key, T.J., Khaw, K.T., Klein, E.A., Kogevinas, M., Krogh, V., Kupcinskas, J., Kurtz, R.C., Landi, M.T., Landi, S., Le Marchand, L., Mambrini, A., Mannisto, S., Milne, R.L., Neale, R.E., Oberg, A.L., Panico, S., Patel, A.V., Peeters, P.H., Peters, U., Pezzilli, R., Porta, M., Purdue, M., Quiros, J.R., Riboli, E., Rothman, N., Scarpa, A., Scelo, G., Shu, X.O., Silverman, D.T., Souček, P., Strobel, O., Sund, M., Małecka-Panas, E., Taylor, P.R., Tavano, F., Travis, R.C., Thornquist, M., Tjønneland, A., Tobias, G.S., Trichopoulos, D., Vashist, Y., Vodička, P., Wactawski-Wende, J., Wentzensen, N., Yu, H., Yu, K., Zeleniuch-Jacquotte, A., Kooperberg, C., Risch, H.A., Jacobs, E.J., Li, D., Fuchs, C., Hoover, R., Hartge, P., Chanock, S.J., Petersen, G.M., Stolzenberg-Solomon, R.S., Wolpin, B.M., Kraft, P., Klein, A.P., Canzian, F., Amundadottir, L.T.: (2016) Three new pancreatic cancer susceptibility signals identified on chromosomes 1q32.1, 5p15.33 and 8q24.21. Oncotarget, IN PRESS

 

2015

Aherne, S.T., Madden, S.F., Hughes, D.J., Pardini, B., Naccarati, A., Levy, M., Vodička, P., Neary, P., Dowling, P., Clynes, M.: (2015) Circulating miRNAs miR-34a and miR-150 associated with colorectal cancer progression. BMC Cancer. 15: 329.

Campa, D., Rizzato, C., Stolzenberg-Solomon, R., Pacetti, P., Vodička, P., Cleary, S.P., Capurso, G., Bueno-de-Mesquita, H.B., Werner, J., Gazouli, M., Butterbach, K., Ivanauskas, A., Giese, N., Petersen, G.M., Fogar, P., Wang, Z., Bassi, C., Ryska, M., Theodoropoulos, G.E., Kooperberg, C., Li, D., Greenhalf, W., Pasquali, C., Hackert, T., Fuchs, C.S., Mohelnikova-Duchonova, B., Sperti, C., Funel, N., Dieffenbach, A.K., Wareham, N.J., Buring, J., Holcátová, I., Costello, E., Zambon, C.F., Kupcinskas, J., Risch, H.A., Kraft, P., Bracci, P.M., Pezzilli, R., Olson, S.H., Sesso, H.D., Hartge, P., Strobel, O., Małecka-Panas, E., Visvanathan, K., Arslan, A.A., Pedrazzoli, S., Souček, P., Gioffreda, D., Key, T.J., Talar-Wojnarowská, R., Scarpa, A., Mambrini, A., Jacobs, E.J., Jamroziak, K., Klein, A., Tavano, F., Bambi, F., Landi, S., Austin, M.A., Vodičková, L., Brenner, H., Chanock, S.J., Delle Fave, G., Piepoli, A., Cantore, M., Zheng, W., Wolpin, B.M., Amundadottir, L.T., Canzian, F.: (2015) TERT gene harbors multiple variants associated with pancreatic cancer susceptibility. Int J Cancer. 1;137(9):2175-2183.

Childs, E.J., Mocci, E., Campa, D., Bracci, P.M., Gallinger, S., Goggins, M., Li, D., Neale, R.E., Olson, S.H., Scelo, G., Amundadottir, L.T., Bamlet, W.R., Bijlsma, M.F., Blackford, A., Borges, M., Brennan, P., Brenner, H., Bueno-de-Mesquita, H.B., Canzian, F., Capurso, G., Cavestro, G.M., Chaffee, K.G., Chanock, S.J., Cleary, S.P., Cotterchio, M., Foretová, L., Fuchs, C., Funel, N., Gazouli, M., Hassan, M., Herman, J.M., Holcatová, I., Holly, E.A., Hoover, R.N., Hung, R.J., Janout, V., Key, T.J., Kupcinskas, J., Kurtz, R.C., Landi, S., Lu, L., Malecka-Panas, E., Mambrini, A., Mohelniková-Duchonová, B., Neoptolemos, J.P., Oberg, A.L., Orlow, I., Pasquali, C., Pezzilli, R., Rizzato, C., Saldia, A., Scarpa, A., Stolzenberg-Solomon, R.Z., Strobel, O., Tavano, F., Vashist, Y.K., Vodička, P., Wolpin, B.M., Yu, H., Petersen, G.M., Risch, H.A., Klein, A.P.: (2015) Common variation at 2p13.3, 3q29, 7p13 and 17q25.1 associated with susceptibility to pancreatic cancer. Nat Genet. 47(8):911-916.

Dowling, P., Hughes, D. J., Larkin, A. M., Meiller, J., Henry, M., Meleady, P., Lynch, V., Pardini, B., Naccarati, A., Levy, M., Vodička, P., Neary, P., Clynes, M.: (2015) Elevated levels of 14-3-3 proteins, serotonin, gamma enolase and pyruvate kinase identified in clinical samples from patients diagnosed with colorectal cancer. Clin. Chim. Acta. 441: 133-141.

Hemminki, K., Frank, C., Försti, A., Musak, L., Kazimirova, A., Barancokova, M., Horska, A., Vymetalková, V., Šmerhovský, Z.,Naccarati, A., Souček, P., Vodičková, L., Buchancová, J., Smolková, B., Dušinská, M., Vodička, P.: (2015) Metabolic gene variants associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Gene Chromosomes Cancer. 54(4): 260-266.

Hemminki, K., Rachakonda, S., Musak, L., Vymetálková, V., Halasová, E., Försti, A., Vodičková, L., Buchancová, J., Vodička, P., Kumar, R.: (2015) Telomere length in circulating lymphocytes: Association with chromosomal aberrations. Gene Chromosomes Cancer. 54(3): 194-196.

Pardini, B., Rosa, F., Naccarati, A., Vymetálková, V., Ye, Y., Wu, X., di Gaetano, C., Buchler, T., Novotný, J., Matullo, G., Vodička, P.: (2015) Polymorphisms in microRNA genes as predictors of clinical outcomes in colorectal cancer patients. Carcinogenesis. 31(6): 82-86.

Slyšková, J., Cordero, F., Pardini, B., Korenková, V., Vymetalková, V., Bielik, L., Vodičková, L., Pitule, P., Liska, V., Matejka, V. M., Levy, M., Buchler, T., Kubista, M., Naccarati, A., Vodička, P.: (2015) Post-treatment recovery of suboptimal DNA repair capacity and gene expression levels in colorectal cancer patients. Mol. Carcinog., 54 (9): 769-778.

Vodenková, S., Polivková, Z., Musak, L., Šmerhovský, Z., Zoubková, H., Sytarová, S., Kavcová, E., Halasová, E., Vodičková, L., Jirásková, K., Svoboda, M., Ambrus, M., Hemminki, K., Vodička, P.: (2015) Structural chromosomal aberrations as potential risk markers in incident cancer patients. Mutagenesis.30(4):557-563.

Vodička, P., Caja, F., Vymetálková, V., Procházka, P., Vodičková, L., Schwarzová, L., Slyšková, J., Kumar, R., Schneiderová, M.: (2015) Ile68Met germline variant in exon 2 of the mutL homolog 1 gene in a colorectal cancer patient. Oncol. Lett. 9(1): 183-186.

Vodička, P., Musak, L., Frank, C., Kazimirova, A., Vymetálková, V., Barancoková, M., Smolková, B., Dzupinková, Z., Jirasková, K., Vodenková, S., Kroupa, M., Osina, O., Naccarati, A., Palitti, F., Försti, A., Dusinská, M., Vodičková, L., Hemminki, K.: (2015) Interactions of DNA repair gene variants modulate chromosomal aberrations in healthy subjects. Carcinogenesis.36(11): 1299-1306.

Vymetálková, V., Souček, P., Kunicka, T., Jirásková, K., Brynychova, V., Pardini, B., Novosadova, V., Polivkova, Z., Kubackova, K., Kozevnikovova, R., Ambrus, M., Vodičková, L., Naccarati, A., Vodička, P.: (2015) Genotype and Haplotype Analyses of TP53 Gene in Breast Cancer Patients: Association with Risk and Clinical Outcomes. PLoS One. 10(7): e0134463.

 

2014

Farkas, S. A., Vymetálková, V., Vodičková, L., Vodička, P., Nilsson, T. K.: (2014) DNA methylation changes in genes frequently mutated in sporadic colorectal cancer and in the DNA repair and Wnt/β-catenin signaling pathway genes. Epigenomics 6(2): 179-191.

Huhn, S., Bevier, M., Pardini, B., Naccarati, A., Vodičková, L., Novotny, J., Vodička, P., Hemminki, K., Försti, A.: (2014) Colorectal cancer risk and patients' survival: influence of polymorphisms in genes somatically mutated in colorectal tumors. Cancer Causes Control. 25(6): 759-769.

Kunická, T., Václavíková, R., Hlaváč, V., Vrána, D., Pecha, V., Rauš, K., Trnková, M., Kubáčková, K., Ambruš, M., Vodičková, L., Vodička, P., Souček, P.: (2014) Non-Coding Polymorphisms in Nucleotide Binding Domain 1 in ABCC1 Gene Associate with Transcript Level and Survival of Patients with Breast Cancer. PLoS One 9(7): e101740.

Lu, S., Pardini, B., Cheng, B., Naccarati, A., Huhn, S., Vymetálková, V., Vodičková, L., Buchler, T., Hemminki, K., Vodička, P., Försti, A.: (2014) Single Nucleotide Polymorphisms within Interferon Signaling Pathway Genes Are Associated with Colorectal Cancer Susceptibility and Survival. PLoS One 9(10): e111061.

Makovický, P., Tumova, E., Volek, Z., Makovický, P., Vodičková, L., Slyšková, J., Svoboda, M., Rejhová, A., Vodička, P., Samasca, G., Králová, A., Nagy, M., Mydlarova-Blascaková, M., Poracova, J.: (2014) Histopathological aspects of liver under variable food restriction: Has the intense one-week food restriction a protective effect on non-alcoholic-fatty-liver-disease (NAFLD) development?Pathol. Res. Pract. 210(12): 855-862.

Makovický, P., Tůmová, E., Volek, Z., Makovický, P., Vodička, P.: (2014) Histological aspects of the small intestine under variable feed restriction: The effects of short and intense restriction on a growing rabbit model. Exp. Ther. Med. 8(5): 1623-1627.

Pardini, B., Verderio, P., Pizzamiglio, S., Nici, C., Maiorana, M. V., Naccarati, A., Vodičková, L., Vymetálková, V., Veneroni, S., Daidone, M. G., Ravagnani, F., Bianchi, T., Bujenda, L., Carracedo, A., Castells, A., Ruiz-Ponte, C., Morreau, H., Howarth, K., Jones, A., Castellvı´-Bel, S., Li L., Tomlinson, I., Van Wezel, T., Vodička, P., Radice, P., Peterlongo, P., the EPICOLON Consortium: (2014) Association between CASP8 –652 6N Del Polymorphism (rs3834129) and Colorectal Cancer Risk: Results from a Multi-Centric Study. PLoS ONE 9(3): e91310.

Pardini, B., Bermejo, J. L., Naccarati, A., Di Gaetano, C., Rosa, F., Legrand, C., Novotny, J., Vodička, P., Kumar, R.: (2014) Inherited variability in a master regulator polymorphism (rs4846126) associates with survival in 5-FU treated colorectal cancer patients.Mutat. Res.-Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 766-767: 7-13.

Svoboda, M., Slyšková, J., Schneiderova, M., Makovicky, P., Bielik, L., Levy, M., Lipska, L., Hemmelova, B., Kala, Z., Protivankova, M., Vycital, O., Liska, V., Schwarzova, L., Vodičková, L, Vodička P.: (2014) HOTAIR long non-coding RNA is a negative prognostic factor not only in primary tumors, but also in the blood of colorectal cancer patients. Carcinogenesis. 35(7): 1510-1515.

Slyšková, J., Lorenzo, Y., Karlsen, A., Carlsen, M. H., Novosadová, V., Blomhoff, R., Vodička, P., Collins, A. R.: (2014) Both genetic and dietary factors underlie individual differences in DNA damage levels and DNA repair capacity. DNA Repair (Amst). 16 :66-73.

Slyšková, J., Langie, S, A. , Collins, A. R., Vodička, P.: (2014) Functional evaluation of DNA repair in human biopsies and their relation to other cellular biomarkers. Front Genet. 5: 116.

Švec, J., Schwarzová, L., Janošíková, B., Štekrová, J., Mandys, V., Kment, M., Vodička, P.: (2014) Synchronous gastric and sebaceous cancers, a rare manifestation of MLH1-related Muir-Torre syndrome. Int. J. Clin. Exp. Pathol. 7(8): 5196-5202.

Vymetálková, V., Pardini, B., Rosa, F., Di Gaetano, C., Novotny, J., Levy, M., Buchler, T., Slyšková, J., Vodičková, L., Naccarati, A., Vodička, P.: (2014) Variations in mismatch repair genes and colorectal cancer risk and clinical outcome. Mutagenesis. 29(4): 259-265.

Vymetálková, V., Slyšková, J., Korenková, V., Bielik, L., Langerová, L., Procházka, P., Rejhová, A., Schwarzová, L., Pardini, B.,Naccarati, A., Vodička, P.: (2014) Molecular characteristics of mismatch repair genes in sporadic colorectal tumors in Czech patients BMC Med. Genet. 15(1) :17.

Wolpin, B. M., Rizzato, C., Kraft, P., Kooperberg, C., Petersen, G. M., Wang, Z., Arslan, A. A., Beane-Freeman, L., Bracci, P.M., Buring, J., Canzian, F., Duell, E. J., Gallinger, S., Giles, G. G., Goodman, G. E., Goodman, P. J., Jacobs, E. J., Kamineni, A., Klein, A. P., Kolonel, L. N., Kulke, M. H., Li, D., Malats, N., Olson, S. H., Risch, H. A., Sesso, H. D., Visvanathan, K., White, E., Zheng, W., Abnet, C. C., Albanes, D., Andreotti, G., Austin, M. A., Barfield, R., Basso, D., Berndt, S. I., Boutron-Ruault, M. C., Brotzman, M., Büchler, M. W., Bueno-de-Mesquita, H. B., Bugert, P., Burdette, L., Campa, D., Caporaso, N. E., Capurso, G., Chung, C., Cotterchio, M., Costello, E., Elena, J., Funel, N., Gaziano, J. M., Giese, N. A., Giovannucci, E. L., Goggins, M., Gorman, M. J., Gross, M., Haiman, C. A., Hassan, M., Helzlsouer, K. J., Henderson, B. E., Holly, E. A., Hu, N., Hunter, D. J., Innocenti, F., Jenab, M., Kaaks, R., Key, T. J., Khaw, K. T., Klein, E. A., Kogevinas, M., Krogh, V., Kupcinskas, J., Kurtz, R. C., LaCroix, A., Landi, M. T., Landi, S., Le Marchand, L., Mambrini, A., Mannisto, S., Milne, R. L., Nakamura, Y., Oberg, A. L., Owzar, K., Patel, A. V., Peeters, P. H., Peters, U., Pezzilli, R., Piepoli, A., Porta, M., Real, F. X., Riboli, E., Rothman, N., Scarpa, A., Shu, X. O., Silverman, D. T., Soucek, P., Sund, M., Talar-Wojnarowska, R., Taylor, P. R., Theodoropoulos, G. E., Thornquist, M., Tjønneland, A., Tobias, G. S., Trichopoulos, D., Vodička, P., Wactawski-Wende, J., Wentzensen, N., Wu, C., Yu, H., Yu, K., Zeleniuch-Jacquotte, A., Hoover, R., Hartge, P., Fuchs, C., Chanock, S. J., Stolzenberg-Solomon, R. S., Amundadottir, L. T.: (2014) Genome-wide association study identifies multiple susceptibility loci for pancreatic cancer. Nature Genet. 46(9): 994-1000.

 

2013

Azqueta, A., Langie, S. A., Slyšková, J., Collins, A. R.: (2013) Measurement of DNA base and nucleotide excision repair activities in mammalian cells and tissues using the comet assay - A methodological overview. DNA Repair (Amst) 12: 1007-1010.

Campa, D., Rizzato, C., Capurso, G., Giese, N., Funel, N., Greenhalf, W., Souček, P., Gazouli, M., Pezzilli, R, Pasquali, C., Talar-Wojnarowska, R., Cantore, M., Andriulli, A., Scarpa, A., Jamroziak, K., Delle Fave, G., Costello, E., Khaw, K. T., Heller, A., Key, T. J., Theodoropoulos, G., Malecka-Panas, E., Mambrini, A., Bambi, F., Land, S., Pedrazzoli, S., Bassi, C., Pacetti, P., Piepoli, A., Tavano, F., di Sebastiano, P., Vodičková, L., Basso, D., Plebani, M., Fogar, P., Büchler, M. W., Bugert, P., Vodička, P., Boggi, U., Neoptolemos, J. P., Werner, J., Canzian, F.: (2013) Genetic susceptibility to pancreatic cancer and its functional characterisation: The PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium. Dig. Liver Dis. 45(2): 95-99.

Campa, D., Rizzato, C., Bauer, A. S., Werner, J., Capurso, G., Costello, E., Talar-Wojnarowska, R., Jamroziak, K., Pezzilli, R., Gazouli, M., Khaw, K. T., Key, T. J., Bambi, F., Mohelnikova-Duchonova, B., Heller, A., Landi, S., Vodičková, L., Theodoropoulos, G., Bugert, P.,Vodička, P., Hoheisel, J., Delle Fave, G., Neoptolemos, J., Souček, P., Buchler, M. W., Giese, N. A., Canzian F.: (2013) Lack of replication of seven pancreatic cancer susceptibility lociidentified in two Asian populations. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev.22(2): 320-323.

Lu, S., Bevier, M., Huhn, S., Sainz, J., Lascorz, J., Pardini, B., Naccarati, A., Vodičková, L., Novotný, J., Hemminki, K., Vodička, P., Försti A.: (2013) Genetic variants in C-type lectin genes are associated with colorectal cancer susceptibility and clinical outcome.Int. J. Cancer. 133(10): 2325-2333.

Makovicky, P., Rimarova, K., Boor, A., Makovicky, P., Vodička, P., Samasca, G., Kruzliak, P.: (2013) Correlation between antibodies and histology in celiac disease: Incidence of celiac disease is higher than expected in the pediatric population. Mol. Med. Rep.8(4): 1079-1083.

Mušák, L., Šmerhovský, Z., Halasová, E., Osina, O., Letková, L., Vodičková, L., Poláková, V., Buchancová, J., Hemminki, K.,Vodička, P.: (2013) Chromosomal damage among medical staff occupationally exposed to volatile anesthetics, antineoplastic drugs, and formaldehyde. Scand. J. Work Environ. Health. 39(6): 618-630.

Pardini, B., Rosa, F., Barone, E., Di Gaetano, C., Slyšková, J., Novotný, J., Levy, M., Garritano, S., Vodičková, L., Buchler, T., Gemignani, F., Landi, S., Vodička, P., Naccarati, A.: (2013) Variation within 3' UTRs of base excision repair genes and response to therapy in colorectal cancer patients: a potential modulation of microRNAs binding. Clin. Cancer Res. 19(21): 6044-6056.

Picelli, S., Bermejo, J. L., Change-Claude, J., Hoffmeister, M., Fernández-Rozadilla, C., Carracedo, A., Castells, A., Castellví-Bel, S.,Naccarati, A., Pardini, B., Vodičková, L., Hüller, H., Talseth-Palmer, B. A., Stibbard, G., Peterlongo, P., Nici, C., Veneroni, S., Li, L., Casey, G., Tenesa, A., Farrington, S. M., Tomlinson, I., Moreno, V., van Wezel, T., Wijnen, J., Dunlop, M., Radice, P., Scott, R. J.,Vodička, P., Ruiz-Ponte, C., Brenner, H., Buch, S., Völzke, H., Hampe, J., Schafmayer, C., Lindblom, A.: Meta-Analysis of Mismatch Repair Polymorphisms within the Cogent Consortium for Colorectal Cancer Susceptibility; PLoS One 8(9): e72091.

Poláková-Vymetálková, V., Vannucci, L., Korenková, V., Procházka, P., Slyšková, J., Vodičková, L., Rusňáková, V., Bielik, L., Burocziová, M., Rossmann., P., Vodička, P.: (2013) Evaluation of tumor suppressor gene expressions and aberrant methylation in the colon of cancer-induced rats: a pilot study. Mol. Biol. Rep. 40(10): 5921-5929.

Procházka, P., Hrabeta, J., Vicha, A., Cipro, S., Stejskalová, E., Musil, Z., Vodička, P., Eckschlager, T.: (2013) Changes in MYCN expression in human neuroblastoma cell lines following cisplatin treatment may not be related to MYCN copy numbers. Oncol. Rep. 29(6):2415-2421.

Rizzato, C., Campa, D., Pezzilli, R., Souček, P., Greenhalf, W., Capurso, G., Talar-Wojnarowska, R., Heller, A., Jamroziak, K., Khaw, K. T., Key, T. J., Bambi, F., Landi, S., Mohelniková-Duchoňová, B., Vodičková, L., Büchler, M. W., Bugert. P., Vodička, P., Neoptolemos, J. P., Werner, J., Hoheisel, J. D., Bauer, A. S., Giese, N., Canzian, F.: (2013) ABO blood groups and pancreatic cancer risk and survival: Results from the PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium. Oncol. Rep. 29(4): 1637-1644.

Thomayerova nemocnice Praha

IKEM, Praha

Všeobecná fakultní nemocnice, Praha

Fakultní nemocnice Plzeň

Fakultní nemocnice Kralovské Vinohrady, Praha

Masarykova Universita, Brno

První lékařská fakulta, Karlova Universita, Praha

Třetí lékařská fakulta, Karlova Universita, Praha

Biomedicínske Centrum, Lékařská fakulta, Plzeň, Karlova Universita, Praha

Státní zdravotní Ústav, Praha

Biotechnologický ústav, AV ČR v.v.i. Vestec

Ústav Molekulární Genetiky AV ČR v.v.i. Praha

Mikrobiologický ústav AV ČR v.v.i., Praha

DKFZ (German Cancer Research Center) Heidelberg, Německo (prof. Hemminki, prof. Kumar, Dr. Canzian, Dr. Főrsti)

University of Pisa, Itálie (prof. Landi, prof. Barale, dr. Campa)

Human Genetic Foundation, Torino, Itálie (Dr. Naccarati, Dr. Pardini)

Leiden University Medical Center, Leiden, Holandsko (prof. Van Wezel)

IDIBAPS / CIBERehd / Hospital Clínic, Barcelona, Španělsko (Dr. Castellvi-Bel)

Umeå University, Švédsko (Prof. Torbjőrn Nilsson)

Vienna Medical University, Rakousko (prof. Knasműller, Dr.Gsur)

RCSI Royal College of Surgeons in Ireland, Irsko(dr. Hughes)